Notas de bancada
Sua câmera vê pixels. Seu artigo precisa de trajetórias.
Como funciona o rastreamento comportamental por vídeo, como montar a câmera e a iluminação e como provar que seus dados estão limpos.
Imagem: créditos
O rastreamento por vídeo parece mágica até dar errado. Um reflexo vira um segundo camundongo, uma sombra engole um canto da arena e, de repente, seu animal se teletransportou pela piscina a quarenta metros por segundo.
Estas notas seguem o caminho oposto ao da mágica. Explicam o que o software faz em cada quadro, como uma montagem sensata de câmera e iluminação evita a maioria dos problemas, quais testes você pode rastrear e como verificar e relatar a qualidade dos dados antes que um revisor faça isso por você.
Explorar
Neste site
Como o rastreamento por vídeo realmente funciona
Como o rastreamento comportamental por vídeo encontra o animal em cada quadro e transforma o vídeo bruto em coordenadas com marcação de tempo.
Câmera e iluminação do jeito certo
Conselhos práticos de câmera, lente e iluminação para um rastreamento por vídeo confiável de animais.
Testes que você pode rastrear
Testes comportamentais comuns compatíveis com rastreamento por vídeo, e as principais medidas de cada um.
Provando que seus dados de rastreamento estão limpos
Como verificar e relatar a qualidade dos dados de rastreamento por vídeo em experimentos comportamentais.
Assistir
Calibração da piscina e da plataforma do labirinto aquático de Morris com HVS Image
Calibrar a piscina e a plataforma: os cinco minutos que tornam confiável cada distância posterior.
Vídeo do canal da HVS Image no YouTube. Ele é carregado no modo de privacidade aprimorada e só é reproduzido quando você clica em reproduzir.
Das revistas
Visto por aí
Um programa de análise de terceiros que ainda abre arquivos da HVS Image, uma wiki de laboratório que lista a HVS Image entre os rastreadores e trabalhos recentes em que as câmeras fizeram o trabalho pesado. Nossas versões; os originais deles.
Uma ferramenta de análise de terceiros que ainda lê arquivos da HVS Image
O Wintrack, programa gratuito de análise do labirinto aquático escrito por David Wolfer, mantém uma página dedicada a uma única tarefa: abrir dados de trajetória do software Water 2020 da HVS Image, o pacote antes chamado Water for Windows. Cada arquivo .HVS contém uma tentativa ou sessão amostrada a uma taxa constante, e o Wintrack exige essa taxa em 0,1 s, então o rastreador deve ficar no modo SLOW se os dados forem parar lá. Arquivos mais antigos terminados em .DRY ou .WET também são reconhecidos, a posição do alvo é importada e define o quadrante-alvo, e uma simples lista de nomes de arquivos em texto puro reúne um lote inteiro em um único documento de caso, com um espaço e um sinal de menos no lugar de uma tentativa ausente. As coordenadas da plataforma, porém, precisam ser digitadas à mão. Uma página pequena, mas reveladora: arquivos de posição brutos e com marcação de tempo que o software de outras pessoas ainda consegue abrir anos depois são exatamente o que se espera de um rastreador.
Leia o original no Wintrack (David P. Wolfer)Uma wiki de laboratório que ainda coloca a HVS Image na lista curta de rastreamento
O Houpt Lab da Florida State University mantém uma página pública na MagnetoWiki sobre como montar um labirinto aquático para camundongos. Na seção de software de rastreamento, cita cinco opções comerciais lado a lado, e a HVS Image é uma delas, junto com Watermaze Software, Actimetrics, Biobserve e o DV-Track da Muromachi. A mesma página também indica a HVS Image para uma lista de fornecedores de tanques galvanizados ou de polietileno. É uma nota de trabalho de laboratório, não um artigo de revisão, e um lembrete útil de que, quando as pessoas montam a própria lista de compras para rastreamento por vídeo, a marca continua aparecendo em destaque.
Leia o original na MagnetoWiki (Houpt Lab)Um robô movido a músculo do tamanho de um chiclete
Um tipo diferente de labirinto aquático: engenheiros do MIT construíram uma tira plana de gel com nadadeiras de células musculares sensíveis à luz. Ao iluminar uma nadadeira, ela se contrai, e assim o robô pode ser guiado por um pequeno percurso de obstáculos. A velocidade máxima é de cerca de quatro comprimentos corporais por minuto, mais ou menos o ritmo de cruzeiro de um tubarão-de-seis-guelras. Para os fãs de rastreamento, é um caso novo de acompanhar um nadador quadro a quadro.
Leia o original no NotebookcheckComida macia, camundongos mais velhos e as células de suporte do hipocampo
Camundongos fêmeas albinas suíças de 6 ou 18 meses viveram com pellets duros, comida macia ou uma troca entre os dois, e os astrócitos de uma camada do hipocampo foram contados e medidos. A equipe reanalisou dados anteriores do labirinto aquático como um único índice de contraste, e os camundongos mais velhos pontuaram menos no dia quatro. Um estudo sobre textura, mastigação e glia que usa dados do labirinto como âncora comportamental. Publicado na Behavioral and Brain Functions.
Behavioral and Brain Functions
Leia o original no Bioengineer.org