Notas de laboratorio
Tu cámara ve píxeles. Tu artículo necesita trayectorias.
Cómo funciona el seguimiento por vídeo de la conducta, cómo preparar la cámara y la iluminación, y cómo demostrar que tus datos están limpios.
Imagen: créditos
El seguimiento por vídeo parece magia hasta que falla. Un reflejo se convierte en un segundo ratón, una sombra se come una esquina de la arena y, de repente, tu animal se ha teletransportado al otro lado de la piscina a cuarenta metros por segundo.
Estas notas adoptan el enfoque contrario a la magia. Explican qué hace el software en cada fotograma, cómo una configuración sensata de cámara e iluminación evita la mayoría de los problemas, qué pruebas se pueden registrar y cómo comprobar y comunicar la calidad de los datos antes de que lo haga un revisor por ti.
Explorar
En este sitio
Cómo funciona realmente el seguimiento por vídeo
Cómo el seguimiento por vídeo de la conducta encuentra al animal en cada fotograma y convierte el vídeo sin procesar en coordenadas con marca de tiempo.
Cámara e iluminación, bien hechas
Consejos prácticos de cámara, objetivo e iluminación para un seguimiento por vídeo fiable de animales.
Pruebas que puedes registrar
Pruebas conductuales habituales que admiten seguimiento por vídeo, y las principales medidas de cada una.
Demostrar que tus datos de seguimiento están limpios
Cómo comprobar y comunicar la calidad de los datos de seguimiento por vídeo en experimentos de comportamiento.
Ver
Calibración de la piscina y la plataforma del laberinto acuático de Morris con HVS Image
Calibrar la piscina y la plataforma: los cinco minutos que hacen fiable cada distancia posterior.
Vídeo del canal de HVS Image en YouTube. Se carga en modo de privacidad mejorada y solo se reproduce cuando pulsas el botón de reproducción.
De las revistas
Visto en la red
Un programa de análisis de terceros que todavía abre archivos de HVS Image, una wiki de laboratorio que incluye HVS Image entre los sistemas de seguimiento y trabajos recientes en los que las cámaras hicieron el trabajo duro. Nuestras versiones; sus originales.
Una herramienta de análisis de terceros que todavía lee archivos de HVS Image
Wintrack, el programa gratuito de análisis del laberinto acuático escrito por David Wolfer, mantiene una página dedicada a una sola tarea: abrir datos de trayectoria del software Water 2020 de HVS Image, el paquete que antes se llamaba Water for Windows. Cada archivo .HVS contiene un ensayo o una sesión muestreados a una frecuencia constante, y Wintrack requiere un intervalo de 0,1 s, de modo que el sistema de seguimiento debe estar en su modo SLOW si los datos van a acabar allí. También reconoce archivos antiguos con extensión .DRY o .WET, importa la posición de la meta y con ella fija el cuadrante diana, y una simple lista de nombres de archivo en texto plano reúne todo un lote en un solo documento de caso, con un espacio y un signo menos en lugar de un ensayo que falte. Eso sí, las coordenadas de la plataforma deben introducirse a mano. Una página pequeña pero reveladora: archivos de posición sin procesar y con marca de tiempo que el software de otras personas puede seguir abriendo años después son exactamente lo que se espera de un sistema de seguimiento.
Leer el original en Wintrack (David P. Wolfer)Una wiki de laboratorio que sigue incluyendo a HVS Image entre los sistemas de seguimiento preseleccionados
El Houpt Lab de la Florida State University mantiene una página pública en MagnetoWiki sobre cómo construir un laberinto acuático para ratones. En el apartado de software de seguimiento menciona cinco opciones comerciales una junto a otra, y HVS Image es una de ellas, junto con Watermaze Software, Actimetrics, Biobserve y el DV-Track de Muromachi. La misma página remite también a HVS Image para obtener una lista de proveedores de tanques galvanizados o de polietileno. Es una nota de trabajo de laboratorio, no un artículo de revisión, y un recordatorio útil de que, cuando la gente redacta su propia lista de compra para el seguimiento por vídeo, la marca sigue apareciendo a la vista.
Leer el original en MagnetoWiki (Houpt Lab)Un robot movido por músculo del tamaño de un chicle
Otro tipo de laberinto acuático: ingenieros del MIT construyeron una tira plana de gel con aletas de células musculares sensibles a la luz. Al iluminar una aleta, esta se contrae, de modo que el robot puede dirigirse a través de un pequeño circuito de obstáculos. Su velocidad máxima es de unas cuatro longitudes corporales por minuto, más o menos el ritmo de crucero de un tiburón de seis branquias. Para los aficionados al seguimiento, es un caso nuevo de seguir a un nadador fotograma a fotograma.
Leer el original en NotebookcheckComida blanda, ratones mayores y las células de soporte del hipocampo
Ratones hembra albinos suizos de 6 o 18 meses vivieron con pellets duros, comida blanda o un cambio entre ambos, y se contaron y midieron los astrocitos de una capa del hipocampo. El equipo volvió a analizar datos previos del laberinto acuático como un único índice de contraste, y los ratones mayores puntuaron más bajo el día cuatro. Un estudio sobre textura, masticación y glía que usa los datos del laberinto como ancla conductual. Publicado en Behavioral and Brain Functions.
Behavioral and Brain Functions
Leer el original en Bioengineer.org