Labornotizen
Ihre Kamera sieht Pixel. Ihr Paper braucht Bahnen.
Wie Video-Tracking von Verhalten funktioniert, wie man Kamera und Beleuchtung einrichtet und wie man nachweist, dass die Daten sauber sind.
Bild: Nachweis
Video-Tracking wirkt wie Magie, bis etwas schiefgeht. Eine Spiegelung wird zur zweiten Maus, ein Schatten verschluckt eine Ecke der Arena, und plötzlich hat sich Ihr Tier mit vierzig Metern pro Sekunde quer durch das Becken teleportiert.
Diese Notizen gehen den Gegenweg zur Magie. Sie erklären, was die Software in jedem Einzelbild tut, wie ein durchdachter Kamera- und Lichtaufbau die meisten Probleme verhindert, welche Tests sich tracken lassen und wie man die Datenqualität prüft und berichtet, bevor ein Gutachter es für Sie tut.
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Auf dieser Website
Wie Video-Tracking wirklich funktioniert
Wie Video-Tracking das Tier in jedem Einzelbild findet und Rohvideo in zeitgestempelte Koordinaten verwandelt.
Kamera und Beleuchtung, richtig gemacht
Praktische Tipps zu Kamera, Objektiv und Beleuchtung für zuverlässiges Video-Tracking von Tieren.
Tests, die Sie tracken können
Gängige Verhaltenstests, die Video-Tracking unterstützt, und die wichtigsten Messgrößen für jeden.
Nachweisen, dass Ihre Tracking-Daten sauber sind
Wie man die Qualität von Video-Tracking-Daten in Verhaltensexperimenten prüft und berichtet.
Ansehen
Kalibrierung von Becken und Plattform im Morris-Wasserlabyrinth mit HVS Image
Becken und Plattform kalibrieren: die fünf Minuten, die jede spätere Distanz vertrauenswürdig machen.
Video vom HVS Image Kanal auf YouTube. Es wird im erweiterten Datenschutzmodus geladen und startet erst, wenn Sie auf Abspielen drücken.
Aus den Fachzeitschriften
Gesehen im Netz
Ein Analyseprogramm eines Drittanbieters, das noch HVS Image Dateien öffnet, ein Labor-Wiki, das HVS Image unter den Trackern aufführt, und aktuelle Arbeiten, bei denen Kameras die Schwerarbeit leisteten. Unsere Zusammenfassungen; ihre Originale.
Ein Analysewerkzeug eines Drittanbieters, das noch HVS Image Dateien liest
Wintrack, das kostenlose Analyseprogramm für das Wasserlabyrinth von David Wolfer, widmet einer einzigen Aufgabe eine eigene Seite: dem Öffnen von Bahndaten aus der Water 2020 Software von HVS Image, dem Paket, das früher Water for Windows hieß. Jede .HVS-Datei enthält einen Durchgang oder eine Sitzung mit konstanter Abtastrate, und Wintrack verlangt dafür 0,1 s, also gehört der Tracker auf die Einstellung SLOW, wenn die Daten dorthin sollen. Ältere Dateien mit der Endung .DRY oder .WET werden ebenfalls erkannt, die Zielposition wird übernommen und legt den Zielquadranten fest, und eine einfache Textliste mit Dateinamen holt einen ganzen Stapel in ein einziges Falldokument, wobei ein Leerzeichen und ein Minuszeichen für einen fehlenden Durchgang stehen. Die Plattformkoordinaten müssen allerdings von Hand eingegeben werden. Eine kleine, aber aufschlussreiche Seite: rohe, zeitgestempelte Positionsdateien, die fremde Software noch Jahre später öffnen kann, sind genau das, was man von einem Tracker erwartet.
Original bei Wintrack (David P. Wolfer) lesenEin Labor-Wiki, das HVS Image weiter auf der Tracking-Shortlist führt
Das Houpt Lab der Florida State University pflegt eine öffentliche MagnetoWiki-Seite zum Bau eines Wasserlabyrinths für Mäuse. Unter Tracking-Software nennt sie fünf kommerzielle Optionen nebeneinander, und HVS Image ist eine davon, neben Watermaze Software, Actimetrics, Biobserve und DV-Track von Muromachi. Dieselbe Seite verweist für eine Liste von Lieferanten verzinkter oder Polyethylen-Becken ebenfalls auf HVS Image. Es ist eine Arbeitsnotiz aus dem Labor, kein Übersichtsartikel, und eine nützliche Erinnerung daran, dass die Marke weiterhin gut sichtbar auftaucht, wenn Leute ihre eigene Einkaufsliste für Video-Tracking schreiben.
Original bei MagnetoWiki (Houpt Lab) lesenEin muskelbetriebener Roboter, so groß wie ein Kaugummistreifen
Eine andere Art Wasserlabyrinth: MIT-Ingenieure bauten einen flachen Gelstreifen mit Flossen aus lichtempfindlichen Muskelzellen. Wird eine Flosse angeblitzt, zieht sie sich zusammen, sodass sich der Roboter durch einen kleinen Hindernisparcours steuern lässt. Die Höchstgeschwindigkeit liegt bei etwa vier Körperlängen pro Minute, ungefähr dem Reisetempo eines Sechskiemerhais. Für Tracking-Fans ist es ein neuer Fall, einen Schwimmer Bild für Bild zu verfolgen.
Original bei Notebookcheck lesenWeiches Futter, ältere Mäuse und die Stützzellen des Hippocampus
Weibliche Swiss-Albino-Mäuse im Alter von 6 oder 18 Monaten lebten mit harten Pellets, weichem Futter oder einem Wechsel zwischen beidem, und Astrozyten in einer Schicht des Hippocampus wurden gezählt und vermessen. Das Team analysierte frühere Wasserlabyrinth-Daten neu als einzelnen Kontrastindex, und ältere Mäuse schnitten an Tag vier schlechter ab. Eine Studie über Textur, Kauen und Glia, die Labyrinthdaten als verhaltensbezogenen Anker nutzt. Veröffentlicht in Behavioral and Brain Functions.
Behavioral and Brain Functions
Original bei Bioengineer.org lesen